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Retracer l’émergence de l’épidémie de covid-19

Projet de recherche ANR

Comment le coronavirus SARS-COV2, responsable de la pandémie actuelle, est-il apparu ? Comment ce virus a-t-il circulé et évolué pour devenir si dangereux pour l’homme ? C’est ce que le Groupe de recherche sur l’adaptation microbienne (EA 2656 UNICAEN-université de Rouen Normandie) cherche à déterminer avec le projet DisCoVER, qui vient d’obtenir un financement de l’Agence nationale de la recherche.

Aux origines du SARS-COV2

Comme beaucoup d’épidémies virales dans l’histoire, la pandémie actuelle a une origine animale. La barrière des espèces n’est en effet pas toujours imperméable : un virus peut la franchir par contact direct ou indirect. Les soupçons portent aujourd’hui sur la chauve-souris, qui est un réservoir naturel pour les virus comme le coronavirus SARS-COV2, et sur le pangolin, qui pourrait avoir contribué à sa propagation.

Pour autant, il reste encore beaucoup à apprendre sur la chaîne de transmission. Le projet de recherche DisCoVER ou “De l’histoire naturelle du SARS-CoV2 : Émergence et Réservoir” s’attachera à déterminer la circulation et l’évolution de ce coronavirus dans les différents écosystèmes, de la faune sauvage à l’homme. « L’objectif est de comprendre ce qui favorise l’émergence de ces virus », précise Meriadeg Le Gouil, virologue et écologue au sein du Groupe de recherche sur l’adaptation microbienne (EA 2656 UNICAEN-université de Rouen Normandie) et coordinateur du projet. Ces recherches sont une étape indispensable pour mettre en place des stratégies de prévention efficaces contre de nouvelles émergences.

Santé animale, santé humaine, santé des écosystèmes

Certains animaux sauvages tels que les chauve-souris, hébergent des coronavirus apparentés au SARS-COV2 sans être affectés. Ces recherches viseront à identifier la prévalence et la diversité des coronavirus circulant dans la faune sauvage du sud-est asiatique, et plus précisément dans les régions nord de la Thaïlande et du Laos, proches de l’épicentre de la pandémie actuelle. Il s’agira également de s’intéresser au cycle naturel des coronavirus pour déterminer leur évolution, dans le temps, chez les différentes espèces.
Ces analyses seront évaluées au regard de facteurs socio-écologiques, liés à l’activité humaine — densité de population, mouvements et déplacements, modes de vie, présence de marchés, braconnage, déforestation, pratiques agricoles et utilisation des sols…
« Les activités humaines ont un impact sur le peuplement des écosystèmes, souligne Meriadeg Le Gouil. L’Homme augmente et modifie ses contacts avec des animaux qui étaient auparavant plus isolés. Plus l’Homme empiète sur les habitats naturels, plus il prélève d’animaux sauvages et les amène au contact d’humains naïfs et plus il s’expose à des risques de contaminations et donc d’émergence. » De la bonne santé des écosystèmes dépendra donc celle de la faune sauvage… et la nôtre.

Un projet interdisciplinaire soutenu par l’ANR

Face à cette crise sanitaire inédite, l’Agence nationale de la recherche (ANR) a lancé, début mars, un appel à projets visant à mobiliser les communautés scientifiques. Doté de 200 000€ pour une période de 18 mois, le projet DisCoVER fait partie des 86 projets de recherche soutenus par l’ANR dans ce cadre, et le seul à s’intéresser aux origines du SARS-COV2, dans une optique de compréhension, d’anticipation et de prévention des prochaines émergences.

Porté par l’université de Caen Normandie, il associe des virologues, des biologistes de l’évolution, des écologues, des modélisateurs, et des chercheurs en sciences humaines et sociales du Centre national de la recherche scientifique (CNRS), de l’Institut de recherche pour le développement (IRD), des universités de Mahidol et de Kasestsart (Thaïlande) et du Centre d’Infectiologie Christophe Mérieux du Laos.