Plateforme de séquençage pour la santé, l’agronomie, la mer et l’environnement · SÉSAME

Plateforme de séquençage de nouvelle génération SESAME
Centre F. Baclesse · Bâtiment Recherche
Avenue du Général Harris
14000 Caen

Organisation

Responsable(s) : Dominique Vaur

Activités

La Plateforme de séquençage de nouvelle génération SESAME a pour objectif de mettre à disposition des équipes de la région des locaux, des équipements et un support technique et bioinformatique aux projets de séquençage à très haut débit dans les domaines de la santé, l’agronomie, la mer et l’environnement. Dans le domaine de la recherche en cancérologie, la plateforme est utilisée pour l’étude des formes héréditaires de cancer du sein ou des ovaires d’une part et pour l’identification de cibles moléculaires à visée thérapeutique dans les tumeurs.

Dans ces domaines, la plateforme développe également des procédés de préparation des librairies, de séquençage et d’analyse bioinformatique permettant d’utiliser la technologie de séquençage à haut débit dans un cadre diagnostic.

Équipements

La plateforme est équipée de deux séquenceurs Illumina, un Nextseq500 et un MiSeq ainsi que des équipements nécessaires à la préparation à haut débit des échantillons comprenant deux robots « High-Throughput» Beckman Biomek fx, un covaris E220, une tapestation, un appareil QPCR 7500 Fast, un pyroséquenceur, des serveurs de calculs dédiés et des facilités de stockage pour la bioinformatique.

Prestations

Analyses bioinformatiques possibles : génotypage (recherche de mutation, insertion/délétion), recherche de variations du nombre de copies, expression différentielle, épissage différentiel, assemblage de petits génomes.

Méthodes développées : Target-seq (reseq dont exome), DNA-seq (whole genome), RNA-seq (transcriptome), sRNA-seq (miRNA-seq).