Analyse d'image en microscopie

Le GRECAN (Groupe de recherche et sur le cancer),le CMABIO (Centre de Microscopie Appliquée à la BIOlogie) et la société ADCIS sont à l’origine d’un centre de ressource sur l’analyse d’image en microscopie.

GAIM : Groupe de travail en Analyse d’Image appliquée à la Microscopie.

Présentation

Le Groupe de travail en l’Analyse d’Image appliquée à la Microscopie réunit des chercheurs ayant en commun le souci d’analyser des images de microscopie, tous domaines confondus (biologie, botanique, science des matériaux, médicine, etc). Les compétences des membres du GAIM sont diverses et variées, à l’image de celles qui sont nécessaires pour l’analyse d’un échantillon à fort grandissement, à savoir la maîtrise de la préparation, du microscope et des outils informatiques d’analyse d’image numérique.
Le GAIM a été créé à la suite d’une journée d’information dont le thème était l’analyse d’image appliquée à la microscopie. Cette journée a montré l’intérêt des chercheurs de la région bas-normande pour cette thématique, mais également la complémentarité des compétences des personnes présentes. La création du GAIM a paru la proposition la plus pertinente pour répondre aux attentes des chercheurs de la région.
Des réunions de travail sont régulièrement organisées par le GAIM afin de mettre en commun des connaissances en préparation d’échantillon, en microscopie, en acquisition, traitement et analyse d’image et en informatique. Le but est de rendre possible l’analyse d’échantillons en automatique ou semi-automatique pour obtenir des mesures statistiques en travaillant sur :

Les thèmes de travail

1) De l'échantillon à l'image
Ce thème regroupe à la fois la préparation de l'échantillon et la prise d'image. Bien que les techniques soient différentes pour la préparation et pour la prise d'image, les deux sujets sont intimement liés car l'image résultante dépend de la préparation, de l'éclairage et du filtrage de la lumière, du grandissement, des réglages du microscope et de la calibration colorimétrique effectuée à l'acquisition.

2) Techniques de segmentation et d'analyse d'image
Ce thème est composé des sous-thèmes « traitement et segmentation d’image » et « analyse ». Le choix du traitement et de la segmentation à mettre en œuvre dépendant de ce que l’on souhaite analyser, donc nous traitons de ces deux thèmes dans la même rubrique.

3) Techniques de mise en oeuvre informatique
Ce thème traite des méthodes de développement, des outils informatiques nécessaires à une mise en œuvre rapide d’application et des interfaces souhaitées par les utilisateurs.
La création d'une bibliothèque de macro-commandes est à l’étude. Des projets plus ambitieux pourront être étudiés en fonction des travaux futurs du GAIM.

Historique :

La première réunion du GAIM a été une journée thématique autour de l'ANALYSE D'IMAGE APPLIQUEE A LA
MICROSCOPIE ; elle a eu lieu le 20 septembre 2005 à l'Université de Caen Basse-Normandie.

La matinée a été consacrée à une introduction des méthodes d'analyse d'image et à la présentation d'exemples concrets, issus des recherches effectuées par les laboratoires de la région.

L'après-midi a permis aux participants à la journée de présenter leurs attentes et d'obtenir des conseils des spécialistes en analyse d'image présents à cette journée. Enfin, les ateliers ont donné l'occasion aux participants d'utiliser un outil logiciel d'analyse d'image et de résoudre des exemples concrets.
La participation à cette journée était ouverte à tous et était gratuite.

Depuis le Groupe de travail s’est réuni a plusieurs reprises et 3 grands thèmes de travail se sont dégagés.

Comment rejoindre le GAIM

Toute personne souhaitant rejoindre le GAIM peut en faire la demande auprès de Didier Goux, coordinateur du groupe*.
La participation au GAIM et à ses réunions est gratuite.
Les membres du GAIM sont prévenus par courrier électronique des dates de réunion et de toutes informations relatives aux activités du GAIM.

* Le GAIM est réservé aux personnes ayant une activité professionnelle en relation avec les travaux du GAIM. Le GAIM se réserve le droit de refuser toute demande d’adhésion au GAIM si cette condition n’est pas remplie.

Contacts :


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