Nos tutelles

CNRS

Rechercher




Accueil > Projets-Thèses en cours > Projets inter-régionaux

SEAV 5 - DYNAPAT

Impact de la dynamique particulaire sur le devenir des bactéries pathogènes dans la zone du bouchon vaseux de l’estuaire de Seine.

Coordination : Fabienne Petit
Equipe(s) impliquée(s) :
- UMR 6143 M2C, Université de Rouen – Fabienne Petit
- UMR CNRS 5254, Université de Pau et des Pays de l’ADOUR – Robert Duran
- UMR INSERM S-1092, Université de Limoges – Marie-Cécile Ploy
- UMR CNRS 7070 M2N, Université Pierre et Marie Curie – Christophe Petit

L’objectif du projet Dynapat est de (i) caractériser la structure des composants particulaires et microbiens (dont les bactéries pathogènes) des flocs présents dans la zone de l’embouchure d’un estuaire macrotidal fortement anthropisé (ii) étudier l’impact du forçage hydrodynamique permanent, cycle de suspension- floculation-défloculation sur les communautés microbiennes et les populations de bactéries pathogènes (diversité et la viabilité) issues de l’érosion des sédiments de surface, (iii) évaluer le temps de survie ( cultivabilité et viabilité) et l’occurrence des intégrons de résistances des bactéries pathogènes dans les sédiments de vasières.
Cette étude s’intéressera à trois types de bactéries, les bactéries du genre Vibrio sp, autochtones aux milieux estuariens et dont l’espèce V. vulnificus pathogène pour l’homme est isolée dans les moules, Aeromonas qui est isolée dans les eaux mais aussi en milieu hospitalier, et les bactéries d’origine fécale Enterococcus et E. coli afin d’intégrer les résultats obtenus dans les modèles sur la dynamique de la contamination fécale dans la zone du bouchon vaseux, développés à IFREMER. Ce projet s’appuie sur des campagnes in situ dont les expérimentations d’érodimétrie et des expérimentations en laboratoire, notamment les expérimentations en réacteur FLOC-SIM, conçu pour le projet FLUMES (programme SA4). Ce réacteur permettra d’améliorer les connaissances sur le rôle des bactéries dans les processus de floculation, notamment de déterminer si la dynamique particulaire à un effet sélectif sur les communautés microbiennes particulièrement les bactéries pathogènes, ou si les bactéries sont des acteurs passifs du processus de floculation, sur la base de leur propriétés cohésives. Une recherche du rôle des flocs bactériens sur la cohésion des sédiments de surface sera menée par des expérimentations en érodimétrie. En parallèle, nous quantifierons les apports dans la colonne d’eau, de bactéries pathogènes viables et le flux de gènes correspondants, générés par l’érosion des vasières ( observation in situ et expérimentation en laboratoire). Ce projet nous permettra d’évaluer la vulnérabilité et la résilience des sédiments exposés à une multi-contamination chimique et microbiologique chronique, en recherchant si il y a maintien des intégrons de multirésistances aux antibiotiques d’intérêt médical, ou de multirésistances contaminants chimiques (HAP, métaux traces- antibiotiques) au sein des sédiments. Les résultats permettront d’évaluer le danger environnemental associé aux rejets continus en bactéries fécales antibiorésistantes et en antibiotiques dans cet environnement. Cette étude multi échelle (floc - bactérie- nanoparticule) s’appuie sur une démarche inter-disciplinaire qui réunit des hydro-sédimentologues (UMR 6143 M2C), pour la caractérisation fine de la composition des flocs en fonction de leur vitesse de chute, l’étude des processus de floculation in situ et en microcosme , et la dynamique sédimentaire de la zone de l’embouchure de Seine ; des écologistes microbiens (UMR M2C, UMR 5254 IPREM) et des microbiologistes hospitaliers (INSERM, 1092) pour l’étude des bactéries pathogènes autochtone (Vibrio sp) , bactéries d’origine fécale (E. coli) et la recherche des support génétiques impliqués dans la multirésistances aux antibiotiques et aux contaminants chimiques ( métaux et HAP). Ce projet bénéficiera de la collaboration avec le projet BARBES (porteur F. Orvain , Bioméa) pour le volet érodimétrie. Les données obtenues pourront alimenter le modèle 0D développé à IFREMER par R. Verney dans la continuité du projet Flumes et les modèles de fonctionnement hydrologique et sédimentologique de cette zone de l’estuaire. Dans le cadre de la qualité des sédiments de dragage les résultats sur le devenir des bactéries pathogènes, y compris la présence des intégrons de résistances qui ont un rôle majeur dans l’émergence des souches pathogènes antibiorésistantes, pourront être appropriés par le Grand Port Maritime de Rouen.

Fin des travaux de recherche : Mars 2017

Zone(s) d’étude(s) : estuaire en aval de Vieux-Port

Lien GIP Seine-Aval :
http://seine-aval.crihan.fr/web/pages.jsp?currentNodeId=189