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Compétence transversale

La microbiologie, compétence transversale de l’UMR M2C, développe grâce à un groupe d’une douzaine de personnes (2 EC, 2 techniciens à 50%, un technicien contractuel, 4 à 5 doctorants ou post doctorants, 2 master /an) une recherche d’interface entre la microbiologie et les géosciences, qui relève de l’éco(toxico)logie microbienne, de l’hydrologie et de la sédimentologie.

Etude de la vulnérabilité et de la résilience des hydrosystèmes (karst/rivière/estuaire) à la pression anthropique exercée sur son bassin versant : (i) adaptation des communautés microbiennes à la contamination chimique (métaux traces/ contaminants organiques/ résidus médicamenteux) ; (ii) devenir et dynamique de transfert des bactéries pathogènes (structure des populations, antibiorésistance), avec un intérêt particulier sur la relation entre les communautés microbiennes et la dynamique particulaire. Ces recherches s’appuient sur des observations in situ dont le suivi à long terme du SO Karst (INSU), et des expérimentations en laboratoire.

Elles se déclinent à différentes échelles :
- du gène aux communautés microbiennes, dont les communautés fonctionnelles impliquées dans la dégradation de la matière organique
- de la particule - biofilm/flocs - hydrosystème- bassin versant
- de l’actuel à l’analyse d’archives sédimentaires datant de 50 dernières années

Les laboratoires de microbiologie (en voie de certification L2) et de biologie moléculaire de l’UMR M2C sont localisés dans le bâtiment IRESE B et correspondent également à un des 5 plateaux techniques de la plateforme de recherche en sciences de l’environnement PRESEN, adossée à la SFR SCALE.