Nos tutelles

CNRS

Rechercher




Accueil > Blogues > PETIT Fabienne

Les projets

Le projet FLASH (EC2CO, GIP Seine- Aval, Piren Seine) :

(Coordonnateur F.Petit)

« Devenir des antibiotiques , Flux de gènes et de bactéries Antibiorésistantes dans les Systèmes Hydriques de surfaces ». Ce projet, d’un budget total de 463 Keuros sur 4 ans, regroupe 9 équipes au niveau national. Depuis 2008, il est porté par le programme Seine-Aval en collaboration avec le Piren Seine, et bénéficie en 2010 d’un co-financement par EC2CO pour le volet modélisation (20 Keuros).

L’antibiorésistance bactérienne est considérée comme un phénomène d’écologie globale, avec une circulation de micro-organismes résistants, parallèle à un flux de gènes, entre les quatre écosystèmes majeurs (humain, animal, sol et eaux). Dans les eaux , si il est admis que des transferts de gènes de résistance aux antibiotiques, y compris entre espèces bactériennes phylogénétiquement éloignées sont possibles, dans des conditions environnementales ces fréquences sont aujourd’hui mal connues.

Les eaux de surfaces sont aussi le siège d’une contamination élevée par les antibiotiques. Les concentrations mesurées sont toutefois inférieures aux concentrations qui sélectionnent des phénotypes de résistance. Pour autant, l’effet d’une exposition continue à plusieurs antibiotiques, sur la sélection de bactéries antibiorésistantes, la dissémination des gènes de résistances, ou l’activité des communautés microbiennes fonctionnelles sont peu renseignées. La modélisation du devenir des médicaments et en particulier des antibiotiques est encore rudimentaire, l’antibiorésistance bactérienne et son devenir jamais modélisée.

Le projet EC2CO-FLASH se situe aux interfaces entre hydrologie, chimie et environnementale, écologie microbienne et microbiologie de l’environnement. Il réunit des équipes de différentes disciplines, qui œuvrent sur une même problématique, l’antibiorésistance bactérienne et la contamination des eaux par des molécules antibiotiques. Les réflexions sont menées au sein des deux programmes complémentaires que sont le PIREN Seine et Seine-aval. Ce projet fédérateur a pour objectif de faire converger ces deux groupes de chercheurs afin de permettre une synthèse des connaissances acquises de la tête de bassin jusqu’à l’embouchure, et de mener des actions complémentaires en vue de développer une approche commune de modélisation.

L’objectif principal de cette proposition est d’étudier (i) le devenir des antibiotiques et des souches d’ E. coli rejetés dans les eaux en fonction de l’origine des sources de contamination (humaine et animale), l’épidémiologie et des facteurs hydrologiques et (ii) le devenir des bactéries antibiorésistantes ( E. coli) et le flux de gènes correspondant le long de deux types de continuum : (i) rejets hospitaliers - STEP - eaux de Seine et (ii) exploitation animale (bovins) - eaux de rivière( Risle) - estuaire de Seine. L’enrichissement en gènes de résistance aux antibiotiques au sein du patrimoine génétique des communautés bactériennes des environnements contaminés sera évalué (i) par une approche moléculaire à partir des ADN totaux extraits des échantillons d’eaux et de sédiments (ii) par des expérimentations en microcosme afin de déterminer si les concentrations en antibiotiques, mesurées dans l’environnement favorisent la dissémination des gènes de résistance et/ou influencent le fonctionnement des cycles biogéochimiques.

En parallèle, une tentative de bilan à l’échelle du bassin versant de cet affluent par intégration des données acquises dans un modèle spatialisé (SENEQUE), devrait permettre d’évaluer la contamination depuis la source de pollution jusqu’à l’exutoire, rivière – estuaire – baie de Seine. Un suivi haute-fréquence par mesures physico-chimiques et hydrométriques réalisées à l’exutoire d’un petit bassin versant affluent à la Risle, et représentatif des usages et occupation des sols du bassin de la Risle, est d’ores et déjà en cours. Les résultats de ce suivi fourniront les informations nécessaires afin de spécifier l’influence des événements pluvieux sur la contamination de la Risle. L’étude des transferts hydro-sédimentaires sur les bassins versants intra-estuariens déjà engagée, sera ainsi poursuivie spécifiquement au niveau de la Risle, dernier affluent de la Seine avant son embouchure. La reconnaissance sera poursuivie en baie de Seine, où les particules estuariennes et des expérimentations en microcosme permettront d’étudier plus précisément le devenir des bactéries et des antibiotiques en milieu turbide.

Projet ERAES 2 (AFFSET) :

Ecologie de la résistance aux antibiotiques de Escherichia coli et Staphylococcus aureus dans les flores commensales de l’homme et des animaux en milieu naturel : période 2 (ERAES2).coordonnateurs : Antoine Andremont. Le projet ERAES permet de décliner l‘étude menée dans le cadre du projet FLASH dans un site unique ou la quantité en antibiotiques introduite dans un environnement non anthropisés est parfaitement connue

Le projet Rhapsodis ( GIP SEINE–AVAL) :

(Coordonnateurs, D.Boust IRSN P.Lesueur M2C, T.Berthe M2C)

Permet de connaître la relation fine entre la contamination métallique, les usages en antibiotiques et l’enrichissement en gènes de résistances correspondant du patrimoine génétique des communautés microbiennes présente dans une carottes sédimentaires de plus de 60ans.

Projet Cobac

(collaboration avec le LEMA Joelle Leray , université du Havre)

Dans ce projet la contribution de M2C consistera a étudier le rôle des copépodes E. affinis comme vecteur de bactéries dont des bactéries pathogènes en milieu estuarien. Dans un premier temps, une recherche de bactéries du genre Vibrio, dont les espèces V. cholerae et V. vulnificus, associées aux copépodes prélevées en Seine sera effectuée , en parallèle au dénombrement des bactéries d’origine fécale (Enterococcus, E. coli) y compris sous leur forme non cultivable. Dans un second temps, une étude de la flore bactérienne totale (identification de la biodiversité sur la base de l’analyse de l’ADNr16S, études de viabilité) associée aux copépodes de l’estuaire de Seine sera effectuée.

L’objectif est de déterminer si l’exposition aux stress augmente la sensibilité des copépodes E. affinis à une colonisation par des bactéries. Ce projet apportera des éléments de réponse (i) quant aux capacités d’adaptation du copépode E. affinis vis-à-vis de la contamination chimique et microbiologique, et (ii) quant au rôle de cette espèce en tant que vecteur de pathogène en milieu estuarien.

Projet FLUMES

(coordonnateur R.Verney Ifremer )

Cette action d’interface entre sedimentologie, microbiologie et modélisation, qui s’inscrit au programme Seine-Aval a pour objectif d’améliorer la compréhension sur le rôle des microorganismes dans les mécanismes de floculation. En estuaire, les mécanismes de floculation des matières en suspension influent sur les propriétés des particules et les flux sédimentaires. La compréhension et la quantification des interactions passives (physico-chimiques) ou actives (biologiques) entre les compartiments minéral et microbien seront étudiées en microcosmes et lors de campagnes in-situ. Les resultants devrait permettre d’optimiser la paramétrisation de la floculation dans les modèles hydro-sédimentaires.

Projet Spitzbay :

(coordonnateur J.Deloffre et R. Lafite)

Characterization of micro-organisms associated with particles in the Arctic coastal zone.

In high latitudes, climatic changes involve modifications in the sedimentary contributions to the fjords. Coastal sedimentary fluxes of the intertidal zone to the deltaic subtidal zone, is controlled by the contribution of the rivers, by the rework due to the tide and the swell, and by impact of ice pack, iceberg and freezing. The reduction in the surface of the glaciers results in modifications quantitative and qualitative of the sediment contribution. In this polar environment, despite the extreme living conditions (mainly desiccation, temperature), microorganisms were specifically recovered in ice or frozen sediment/soil. Since 2007, our laboratory has collected data on coastal sedimentary characteristics and fluxes of Kongfjorden (78°N Svalbard) according to the longitudinal coastal gradient of active thaw. The objective of this project is to investigate microbiological samples, partially analyzed against sedimentary and hydrological data. A complementary experimental study will be also carried out to study the flocculation processes in cold water. Following the results obtained, the post-doc will be involved in a new research project in the Arctic zone.

Collaboration : AWIPEV (programme SPITZBAY), Univ. Kiel, Univ. Besançon (ANR Hydro-Loven-FLOWS), Univ. Orsay.